Nunca hay una manera única de hacer las cosas y en el caso de las bases de datos, lo mejor que podemos hacer es probar y analizar nuestras selects para optimizarlas.
De todas manera vamos con el tema del post:
Seleccionar registros de una tabla que no están en otra tabla:
Supongamos t1 = Tabla Origen, t2 = Tabla donde están los registros que no queremos. Trabajaremos con el campo id pero lo pueden substituir por la clave o claves de sus tablas
1) Select * from t1 where not exists (select 1 from t2 where t2.id = t1.id)
Si el campo/s id esta indexado esto va a ser muy rápido y sin problemas. Es posible que inicialmente hayan pensado en un NOT IN al estilo:
2) Select * from t1 where t1.id not in (select t2.id from t2)
Esta segunda opción es altamente ineficiente pues a cada registro se ejecuta la segunda select y la búsqueda en su resultado. Si t2 es grande lo van a notar mucho.
Podríamos hacer un left join de manera que seleccionamos los que no ha podido hacer el join:
